- Διεθνές Συνέδριο "Η πόλη στους νεότερους χρόνους", Αθήνα 27-30 Νοεμβρίου 1997, από κοινού με την Εταιρεία Μελέτης Νέου Ελληνισμού - Μνήμων.
Στο συνέδριο συμμετείχαν πάνω από 50 ερευνητές, και τα πρακτικά του εκδόθηκαν από την ΕΜΝΕ με τίτλο Η πόλη στους νεότερους χρόνους. Μεσογειακές και βαλκανικές όψεις (19ος-20ός αι.), Αθήνα 2000.
- Α' Επιστημονική Συνάντηση, Ρέθυμνο 2 Νοεμβρίου 1999.
Την οργάνωσε στο ΙΜΣ το πρόγραμμα "Η πόλη στους νεότερους χρόνους", με σκοπό να γίνουν ευρύτερα γνωστοί οι στόχοι του και τα ως τώρα αποτελέσματά του. Συμμετείχαν με ανακοινώσεις πέντε ερευνητές (από το Λίβερπουλ, την Αθήνα και το Ρέθυμνο).
- Διεθνές Συνέδριο “Rival Pursuits, Common Experiences: Social Transformation and Mass Mobilization in the Balkan and Eastern Mediterranean Cities (1900-1923)”, Ρέθυμνο 22- 24 Οκτωβρίου 2009, Ινστιτούτο Μεσογειακών Σπουδών / Ι.Τ.Ε.
Το σημαντικό αυτό συνέδριο συγκέντρωσε ερευνητές από τις περισσότερες χώρες της περιοχής. Στις ανακοινώσεις που έγιναν βασίστηκε ο συλλογικός τόμος Social Transformation and Mass Mobilization in the Balkan and Eastern Mediterranean Cities
- The Economic and Social Development of the Port–Cities of the Western Black Sea Coast, Late 18th – Beginning of the 20th century, συνέδριο που οργανώθηκε στην Constanța και στη Varnaστις 27 Μαίου -1 Ιουνίου 2014 από τους Ανδρέα Λυμπεράτο και C. Ardeleanu.
Το συνέδριο οργανώθηκε στα πλαίσια του διεθνούς ερευνητικού προγράμματος “The Black Sea and its port- cities from the 18th to the 20th century. Development, convergence and linkages with the global economy” (πράξη Θαλής 2012-15, με συντονισμό του Ιονίου πανεπιστημίου -καθηγήτρια Τζ. Χαρλαύτη). Στις ανακοινώσεις του συνεδρίου βασίστηκε ο συλλογικός τόμος Port Cities of the Western Black Sea Coast