Το Αρχείο Οθωμανικής Ιστορίας του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών περιλαμβάνει, ανάμεσα σε υλικό που έχει συλλεχθεί από τα ερευνητικά προγράμματα του ομώνυμου τομέα, μια ψηφιακή συλλογή οθωμανικών σαλναμέδων (επετηρίδων) των βαλκανικών και νησιωτικών επαρχιών της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας που αφορούν το δεύτερο μισό του δέκατου ένατου αιώνα, καθώς και μικρή αρχειακή συλλογή των αρχών του 20ού αιώνα από τη Διεύθυνση Μουσουλμανικών Θρησκευτικών Ιδρυμάτων Ρεθύμνης (αποδείξεις πληρωμών).

Ψηφιακή συλλογή Σαλναμέδων
Χάρη στη χορηγία του Κοινωφελούς Ιδρύματος Αλέξανδρος Σ. Ωνάσης, η Βιβλιοθήκη του ΙΜΣ,  διαθέτει ψηφιακή συλλογή οθωμανικών σαλναμέδων (επετηρίδων) των βαλκανικών και νησιωτικών επαρχιών της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Πρόκειται για 87 τόμους του δεύτερου μισού του δέκατου ένατου αιώνα, οι οποίοι προσφέρουν πολύτιμες πληροφορίες για τις επαρχίες Αδριανούπολης, νησιών του Βορειοανατολικού Αιγαίου, Κρήτης, Θεσσαλονίκης, Ιωαννίνων και Μοναστηρίου (Μπίτολας).