Το Αρχείο Αμαργιανάκη είναι το  μουσικολογικό αρχείο του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας.

Το αρχείο αντιστοιχεί στα παραδοτέα των τεσσάρων μεγάλων ερευνητικών προγραμμάτων στα οποία επιστημονικός υπεύθυνος ήταν ο καθηγητής Εθνομουσικολογίας Γεώργιος Αμαργιανάκης (1938-2003): 

1. Ελληνική Παραδοσιακή Μουσική (ΙΜΣ-ΙΤΕ (ΕΚΕΚ)/ 1986-1990)
2. Μεσογειακά Ολοκληρωμένα Προγράμματα (Μ.Ο.Π.) (1991-1994)
3. Θαλήτας (ΓΓΕΤ- ΕΠΕΤ ΙΙ / 1994-1999) (ΙΜΣ, ΤΜΗΜΑ ΜΟΥΣΙΚΩΝ ΣΠΟΥΔΩΝ ΕΚΠΑ)
4. Crinno Music II (Περιφέρεια Κρήτης- CRINNO / 2000-2006)

Ο κοινός άξονας όλων των προγραμμάτων είναι η καταγραφή της παραδοσιακής μουσικής (ηχογράφηση και βίντεο, παρτιτούρα) στο πεδίο ή σε στούντιο.

Η έρευνα έχει δώσει βάρος στην καταγραφή της κρητικής παραδοσιακής μουσικής και έχει αφήσει παρακαταθήκη πολύτιμο αρχειακό υλικό σε αναλογική και ψηφιακή μορφή, όπως:

• δύο μεγάλα ερευνητικά προγράμματα για το βιολί και τη λύρα, Θαλήτα και Crinno Music 2 αντίστοιχα, που περιλαμβάνουν έναν πλούτο ταξινομημένης πληροφορίας από απομαγνητοφωνημένες συνεντεύξεις, βιογραφικά στοιχεία, φωτογραφίες και βιντεοσκοπημένες ηχογραφήσεις μουσικών της Κρήτης.
• μουσικές καταγραφές (ηχογραφήσεις) της δεκαετίας του 1980 σε μπομπίνες 
• ντοκιμαντέρ της δεκαετίας του 1990 που δίνουν ένα ευρύτερο στίγμα για τον πολιτισμό της Κρήτης,