Το Κέντρο Ναυτιλιακής Ιστορίας παρέχει, κατόπιν ανοικτής πρόσκλησης και επιστημονικής αξιολόγησης, υποτροφίες και χρηματοδοτήσεις για μελέτες στη Ναυτιλιακή Ιστορία σε διδακτορικό και μεταδιδακτορικό επίπεδο.
Στο διάστημα 2019-2022 έχουν δοθεί:
2019-2022 Τρίχρονη υποτροφία από το Κέντρο Ναυτιλιακής Ιστορίας,με χορηγία του Ιδρύματος «Αιγέας», για την εκπόνηση διδακτορικής διατριβής σε συνεργασία ΙΜΣ-ΙΤΕ και Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης στον Άγγελο Δρουγούτη με θέμα «Χιώτες εφοπλιστές ανάμεσα στην παγκόσμια ναυτιλία και την Ελληνική οικονομία (1945 – 1975). Η περίπτωση του Ομίλου Ανδρεάδη».
2022-2025 Τρίχρονη χρηματοδότηση από το Κέντρο Ναυτιλιακής Ιστορίας του ΙΜΣ-ΙΤΕ, με χορηγία του Ιδρύματος «Αιγέας», για την εκπόνηση μεταδιδακτορικής μελέτης στην Καλλιόπη Βασιλάκη με θέμα «Η ναυτική κοινότητα της Ιθάκης (19ος-20ός αιώνας)”.